構成・システムに相違点がある。画面を横向きに変更されている。1つのステージがAC版に比べて長くなっており、敵基地は前半の炎地帯が「エネルギーゾーン」、後半が「ハンガー」と別のステージになった。また、ステージ開始時やステージクリア時に幕間デモが表示されるようになった。また、罠などの種類が増え、敵の行動パターンも異なる。AC版はマシンガンとレーザーは銃器の形をしていたが、それぞれイニシアルの「M」と「L」に変更されている。3Dステージは横移動が無くなり、奥方向への1方向になっている。

魂斗羅 : あなたの銃を掴んで、それらを撃ち、世界を救う！